Når en sø genskabes eller en ny sø laves på en lokalitet, hvor et større vandløb med en bestand af vandrende laksefisk skal gennemløbe søen, vil søen påvirke laksefiskene. I langt de fleste tilfælde vil der være tale om en betydelig negativ påvirkning på en eller flere måder.
Derfor er der indbygget en konflikt i, at der i disse år anlægges mange søer til kvælstofrensning. Søerne anlægges ofte direkte i vandløbene og tæt på deres udløb i havet, så det meste af vandet og dermed også vandrefiskene ledes gennem søerne. Herved kan man rense for mest muligt kvælstof, men der er stor risiko for, at man påvirker de naturlige bestande af vandrefisk så meget, at det vil gå ud over muligheden for at opretholde en bestand. Derved ødelægger eller forringer man muligheden for et godt fiskeri efter havørred og andre arter.
Den negative påvirkning for vandsystemets laksefisk vil typisk være størst, jo nærmere søen er placeret på vandløbets udmunding i havet. Det skyldes, at en større procentdel af vandløbets bestand af fisk skal vandre gennem søen. F.eks. har DTU Aqua påvist ved flere års undersøgelser, at i gennemsnit 83 % af ørredsmoltene fra Egå ved Aarhus nu forsvinder i den nyskabte Egå Engsø. I det område var der for få år siden ikke noget smolttab i åløbet. Søen er nu anlagt direkte i det tidligere åløb og kun få km fra bugten, hvilket er katastrofalt for den naturlige ørredbestand.
Om foråret, når ørred- og laksesmolt vandrer mod havet, kan en sø på smoltenes vandringsrute således betyde, at deres vandringer afbrydes, eller at de dør. Flere undersøgelser har vist, at en meget stor andel af de smolt, der vandrer ind i en sø, ofte falder som bytte for søens rovfisk og fugle. Desuden vil en del andre smolt miste vandretrangen, når de ikke kan finde ud af søen. Sådanne smolt må formodes at omkomme, hvis søen er lavvandet og uegnet for ørred på grund af høje sommertemperaturer.
Hvis søen ikke indeholder rovfisk, reduceres problemet, selv om det i sig selv kan være svært for en smolt at finde gennem en sø i den periode på 3-4 uger, den vandrer og kan tåle skiftet mellem fersk- og saltvand.
Udsætninger af rovfisk i en nyskabt sø, som skal passeres af vandrefisk, kan derfor ikke anbefales, idet flere undersøgelser har vist, at gedde og sandart kan være ansvarlig for en væsentlig del af prædationen på smolt.
Det er i de fleste tilfælde ikke muligt at forhindre rovfisk i at nå frem til søen og danne en bestand, hvis søen gennemstrømmes af et større vandløb. Desuden vil det også have en negativ virkning på søens vandmiljø, hvis man søger at holde søen fri for rovfisk. Hvis søen får en dårlig miljøtilstand, vil det også medføre forringede miljøforhold over mange kilometer af vandløbet nedstrøms søen, f.eks. via øget vandtemperatur og iltforbrug.
Der er store samfundsinteresser i, at der er vandrefisk som ørred og laks i vandløbene, og EU's vandrammedirektiv stiller også krav om naturlige fiskebestande i vandløbene. Hvis man vil sikre bestande af laksefisk og andre vandrefisk i vandløbene, kan det derfor anbefales at tage hensyn til at sikre vandløbenes fiskebestande, hvis man overvejer at anlægge søer ved vandløb.
Hvis et projekt til gen- eller nyskabelse af en sø betyder, at et større vandløb bliver påvirket af søen, bør det tilstræbes, at vandløbet ledes uden om søen, og at søen kun får afløb til vandløbet. Men søen kan stadig virke som opvækstareal for rovfisk, især gedder, der vandrer ud i vandløbet og dermed skaber en større bestand af rovfisk i vandløbet end tidligere. Det vil i sig selv betyde øget dødelighed for udvandrende smolt, men dog i mindre grad, end hvis vandløbet ledes gennem søen.
Til slut må det påpeges, at søer nær vandløb også kan tiltrække rovfugle som f.eks. skarv og fiskehejre, der gerne æder smolt.