En laksebestand i et givet vandløb repræsenterer en samlet genetisk underenhed med begrænset udveksling af genetisk materiale med andre bestande. Denne isolation gør det muligt for de enkelte bestande at tilpasse sig det lokale miljøs særegne fysiske og biologiske forhold.
På baggrund af viden om genetisk bestandsstruktur og lokale tilpasninger har man forstået vigtigheden af at værne om oprindelige (tilpassede) bestande. Derfor bør man undgå udsætninger af "fremmede" fisk og primært benytte udsætningsmateriale af lokal herkomst. Udsætninger af fremmede fisk udgør en fare for "genetisk forurening" og deraf følgende tab af lokale tilpasninger. Desuden har ikke lokale fisk (transplanterede vildfisk, dambrugsfisk) generelt reduceret overlevelse og reproduktiv succes, som betyder lav rentabilitet af udsætningerne.
Da man i 1993 udarbejdede "Handlingsplan for ophjælpning og retablering af de danske laksebestande" (Laksehandlingsplanen) antog man, at bestandene i alle andre danske vandløb end Skjern Å var uddøde. Antagelsen byggede på små fangster af opgangsfisk samt mangel på forekomst af lakseyngel/-ungfisk.
Den væsentligste årsag til, at Skjern Å laksen opnåede status som "oprindelig" skyldes sikkert, at man på den nederste del af Karstoft Å, et af Skjern Å's større tilløb, fandt opgangsfisk og yngel i en størrelsesorden, som man ikke mente kunne være tilfældig. Denne antagelse har siden vist sig at være velbegrundet, idet sammenligninger af det genetiske materiale i den nuværende Skjern Å bestand med genetisk materiale isoleret fra gamle skæl fra laks fanget i åen i 30èrne, har vist så klare ligheder, at det kan konkluderes, at Skjern Å bestanden er oprindelig (Nielsen et al. 1997).
Siden 1993 er der udsat en mængde laks af "fremmed" oprindelse i de vestjyske vandløb (to irske, to svenske og en skotsk bestand). Sammen med disse udsætninger har tidligere nævnte problemer omkring dårlige gydeforhold, passageforhold og fiskeri udgjort en stor trussel for bestandene af oprindelige laks i Ribe Å, Varde Å og Storå via opblanding og fortynding af den oprindelige genetiske sammensætning.
Allerede i 2000 stoppede man, på frivillig basis, udsætningerne af fremmede laks i vandløbene Ribe Å, Varde Å og Storå. Det var først meningen, at stoppet skulle ske i 2001 ifølge den reviderede udsætningsplan, men på frivillig basis blev det effektueret allerede i 2000. Således bliver der nu kun udsat laks af vestjysk oprindelse i de tre åer.