Hvorvidt en opfiskning af skidtfisk vil kunne hjælpe en sø på rette vej, beror blandt andet på fiskebestandens størrelse og sammensætning. Før der tages stilling til en eventuel opfiskning, udføres der derfor normalt en fiskeundersøgelse.
Viden om søens næringsstof- og miljøtilstand er også vigtig for at vurdere, om en opfiskning kan forventes at blive succesfuld.
Selve opfiskningen kan foretages på en række forskellige måder. Blandt de hyppigst anvendte er trawl, bundgarn, landdragningsvod, men også ruser, gællenet og elektrofiskeri bliver anvendt.
Valg af metode og redskaber afhænger af flere forhold, herunder søens størrelse og dybdeforhold samt af hvilke fisk, der ønskes fjernet. Opfiskningen kan finde sted over hele året, men kan eventuelt koncentreres til visse perioder, hvor det er lettere at fange fiskene.
De hidtidige erfaringer med opfiskning af skidtfisk viser, at det er vigtigt at fjerne så mange fisk som muligt og så hurtigt som muligt. Det vil sige helst mindst 70 til 80 procent af bestanden af skidtfisk i løbet af et til to år.
Hvis opfiskningen ikke sker over en kort årrække, risikerer man, at den tilbageværende fiskebestand blot kompenserer for opfiskningen ved øget opvækst og formering, og så vil man kun langsomt mindske bestanden. Hvis effekten af opfiskning skal bevares, vil det ofte være nødvendigt at gentage indgrebet.

Langdragningsvod til opfiskning af skidtfisk i Væng Sø.
Eksempler og effekter
Den første sø i Danmark, hvor der blev grebet ind i fiskebestanden i større skala var Væng Sø i Vejle Amt lidt sydvest for Mossø. Her blev der fra 1986 til 1988 fjernet 180.000 fisk eller 4 ton skaller og brasen fra den kun 16 hektar store og 1,8 m dybe sø. Hermed blev der fjernet omkring halvdelen af søens fiskebestand.
Efter indgrebet blev vandet klart, og sigtdybden øget fra et sommergennemsnit på ca. 0,6 m til mere end 1,8 m. Efter et par år koloniserede bundplanterne søen på ny (især vandpest) og har i perioder fuldstændigt fyldt søen op. Indholdet af næringsstoffer (fosfor og kvælstof) faldt til mellem 30 og 60 procent af niveauet fra før indgrebet.
Efter ca. ti år med gode effekter af indgrebet på vandkvaliteten, blev tilstanden i Væng Sø igen forværret. Sigtdybden blev reduceret, fiskebestanden igen domineret af skaller og undervandsplanterne forsvandt. Årsagen til søens forværring kan hænge sammen med, at der stadigvæk ligger en betydelig pulje af fosfor på bunden af søen. Fosfor som i perioder mobiliseres og frigives til vandet.
Siden indgrebet i Væng Sø er der gennemført opfiskning af skidtfisk i omkring 50 søer landet over. Indgrebene har været gennemført i søer med størrelser op til 850 hektar, hovedsageligt i lavvandede søer. Indgrebets omfang har været meget varierende, men typisk er der fjernet mellem 40 og 80 procent af fiskebestanden eller 100 til 300 kg pr. hektar over to til fem år.
I mange tilfælde er der opnået meget markante positive effekter på vandkvaliteten, men i de fleste søer ses der også en tendens til tilbagefald efter otte til ti år. Så selv om langtidseffekterne endnu kun er kendt fra få søer, kunne det tyde på, at opfiskning mere skal ses som en plejeforanstaltning, der skal gennemføres med jævne mellemrum, end et engangsindgreb.

Svaner i Væng Sø efter indgreb i fiskestanden og fremvækst af undervandsplanter.
Af , , og , Danmarks Miljøundersøgelser ved Aarhus Universitet