De følgende afsnit fokuserer på de biologiske metoder, også kaldet biomanipulation, der har været de langt mest udbredte metoder anvendt i Danmark til restaurering af søer. Der har især været anvendt to metoder:
- Opfiskning af skidtfisk, dvs. især skalle og brasen, så livsbetingelserne for dyreplanktonet forbedres og aborrens fødekonkurrence om bunddyr med brasen mindskes
- Udsætning af rovfisk, hvor især geddeyngel har været anvendt i forsøg på at holde mængden af småfisk nede og derved give dyreplanktonet bedre muligheder
Derudover har der også i mindre omfang været anvendt metoder, der skulle fremme væksten af undervandsplanter.
Læs en mere uddybende omtale fra Danmarks Miljøundersøgelser af baggrunden for de danske erfaringer med restaurering af søer.
Populært sagt kan man sige, at indgreb i fiskebestanden går ud på at skubbe søen fra en uklar tilstand over i en klarvandet tilstand.
Hvis søen tilføres store mængder næringsstoffer vil søen altid være i en uklar tilstand, og hvis søen tilføres meget få næringsstoffer, vil den altid være klarvandet. Ved en middelhøj tilførsel kan søen hurtigt skifte og enten være i en klarvandet eller uklar tilstand.
I Danmark er det især skalle og brasen, der fjernes for at mindske fiskenes prædation på dyreplankton og bunddyr, men i nogle søer kan der også være betydelige bestande af karper, suder, karuds, smelt m.fl., som med fordel kan fjernes.
Af , , og , Danmarks Miljøundersøgelser ved Aarhus Universitet